Gebze’nin kalbi Çoban Mustafa Paşa Külliyesi’nde atar. Ama külliyeden bahsetmeden önce Çoban Mustafa Paşa’dan bahsetmemiz gerekir. Fatih Sultan Mehmet döneminde Enderun mekteplerinde eğitim gören Çoban Mustafa Paşa, Yavuz Sultan Selim’in damadı ve Kanuni Sultan Süleyman’ın veziridir. İstanbul ve Bulgaristan’ın birer semtine adını bırakan bu önemli tarihi şahsiyet, önce Mısır ve Rodos’ta valilik yapmış, Çaldıran seferi dönüşü vezirliğe yükseltilmiştir. Külliye, Çoban Mustafa Paşa’nın emriyle 16. yüzyılda Mimar Sinan’a yaptırılmıştır.
Yüzlerce yıllık geçmişi olan bu eşsiz eser yıkılıp yok olmaktan, tarihçi İbrahim Hakkı Konyalı ve Gazeteci Refi Cevdet Ulunay’ın girişimi; merhum başbakanlardan Adnan Menderes’in özel ilgisi ile kurtuldu. 1960 yılında yüksek mimar Cahide Tamer başkanlığındaki teknik heyet tarafından tamir edilen külliye, 1996 yılında deprem şehidi milletvekili Alaettin Kurt’un girişimi ile yenileme gördü.
Tek kubbeli haremi, beş bölümlü son cemaat yeri ve minaresiyle cami, külliyenin tam ortasında ve Gebze’ye hâkim merkezi bir mevkide yer almaktadır. Bu caminin mihrap ve duvarları kufi yazılarla süslenerek, renk ve düzeni görkemli Türk çinileri ile sağlanmıştır.
Çoban Mustafa Paşa’nın Türbesi, caminin kıble tarafında, külliyenin diğer yapılarından bir bahçe duvarı ile ayrılan hazire avlusundadır. Çoban Mustafa Paşa, 1529 yılında vefat edince Gebze’de yaptırdığı külliyenin içinde yer alan bu türbeye defnedilmiştir.
Külliye’nin avlusuna; batı, kuzey ve güney olmak üzere üç kapıdan giriliyor. Külliyenin batı tarafındaki giriş kapısının üstüne inşa edilmiş kütüphane, bir zamanlar araştırmacılar için çok önemli bir yapıydı. Kütüphanenin sol tarafında paşa odaları, sağ tarafında da imarethane bulunuyor. İmarethane, külliyenin mutfağı ve yemekhanesidir. Hem mahzeninde yiyecek malzemeleri depolanıyor, hem fırınında ekmek pişiriliyor, hem mutfağında yemek hazırlanıyor, hem de yemekhanesinde yemek yeniyordu. Asırlarca kaç yolcu bu imarethanede yemek yedi kim bilir? Bugün bu gelenek, Çoban Mustafa Paşa vakfı tarafından özenle yürütülüyor.
Kuzey kapısından girince kervan yolculuğunda hastalanan hayvanların tedavi edildiği bölümler karşımıza çıkıyor. Bu bölümlere Deve Doğum Hanları da deniliyor. Burası Osmanlı medeniyetinde hayvanlara verilen değeri göstermesi bakımında oldukça önemli.
Tekke bir diğer adıyla hankah, külliyenin kuzeydoğu köşesinde revaklı bir avlu etrafında U planlı bir yapı olarak dikkat çekiyor. Medrese, Hankah’ın hemen karşısında bulunan Külliyenin güney kapısının sağında yer alıyor. Zembilli Ali Efendi’nin ders verdiği bu medresede birçok ilim adamı yetişmiş. Duvarla çevrili bir bahçesi bulunan medreseye külliyenin dışındaki bir kapıdan giriliyor. Medrese üç tarafı revaklarla çevrili avlu etrafında 17 odadan oluşuyor. Bir de mescidi olan medrese, Osmanlı döneminde yükseköğrenim yaptırılan bir okul düzeyindeymiş.